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紫杉醇是一种广泛用于癌症治疗的天然来源抗肿瘤药物，但由于结构复杂、天然含量极低，其生产至今仍依赖从红豆杉中提取前体化合物，既低效又不可持续。为实现绿色制造，科学界长期试图解析其完整的生物合成通路，并构建异源表达系统。然而，红豆杉基因组庞大且富含冗余酶基，传统共表达分析难以在其中准确识别路径基因。提高基因挖掘的分辨率，成为攻克这一难题的关键。

近日，斯坦福大学 Elizabeth Sattely 团队在 Nature 杂志发表了一项突破性研究，题为“Discovery of FoTO1 and Taxol genes enables biosynthesis of baccatin III”。该研究通过开发一种名为“多重扰动单核转录组分析”（mpXsn）的新技术，成功解析了紫杉醇合成途径中的多个未知基因，为可持续生产紫杉醇铺平了道路。

在这项研究中，Sattely 课题组提出了全新的策略：通过建立一个整合多种扰动条件的单核水平转录组图谱，结合模块化非负矩阵分解算法，构建更高维度的基因共表达网络。这项名为“mpXsn”（multiplexed perturbation × single nuclei）的新技术，通过将来自不同组织、不同发育阶段、不同激发条件（包括激素、微生物、紫外线等）的红豆杉叶片统一进行单核 RNA 测序，收集超过 17,000 个核转录组，构建出覆盖 2,901 种细胞状态的表达矩阵。相比于传统方法仅处理几十个 bulk 样本，mpXsn 具备数量级更高的表达多样性，使得信号更清晰，目标更聚焦。

值得注意的是，研究团队并未预设通路框架，而是完全基于数据驱动的方法，采用 cNMF 算法对全转录数据进行无监督分解，识别出 200 个共表达模块。在这些模块中，三个被高度富集为紫杉醇合成相关模块，分别对应合成早期骨架构建、中期修饰和末端装配。其中“模块 1”最为关键，不仅包含经典的 TDS、T5αH、DBAT 等已知酶基因，还包含了若干此前从未与紫杉醇合成关联的新候选基因。

图 | mpXsn 技术流程与表达模块解析

在这些候选中，一个尤为引人注目的蛋白 FoTO1 脱颖而出。FoTO1 属于核转运因子 2（NTF2）样蛋白家族，在植物次级代谢中从未有相关报道。研究人员发现，FoTO1 并非催化酶，却能通过与紫杉烷路径起始酶 T5αH 形成复合物，显著提升其催化产率，并抑制非目标副产物的生成。在烟草异源表达体系中，加入 FoTO1 后，T5αH 产物 taxadien-5α-ol 的得率提升了 10 到 17 倍，副产物如 cyclo-taxanes（环化紫杉烷）和 over-oxidized taxanes（过度氧化紫杉烷）显著减少，代谢通量显著向目标路径集中。这种辅助蛋白的发现，不仅解释了为何前人反复尝试仍无法优化路径第一步的氧化反应，也证明了“非催化型调控因子”在植物天然产物合成中的关键地位。

更进一步的生化实验表明，FoTO1 直接与 T5αH 蛋白发生物理互作，且这种结合依赖于 FoTO1 的 C 端 α 螺旋结构。利用 MST 技术，研究人员测得 FoTO1 与 T5αH 结合的 Kd 值在高纳摩尔范围，且删除其 C 端将完全失去互作与促进功能。免疫共沉淀实验也确认了其在植物细胞中的共定位与复合体形成。这种结构上分离、功能上协同的机制，使 FoTO1 成为突破路径“第一关”的关键分子。

图 | FoTO1 促进 Taxol 早期合成中首步氧化反应的机制解析

在解决首步瓶颈后，研究人员沿着模块 1–3 继续拼图，最终识别出共计 7 个此前未知的紫杉醇合成基因。这些包括 C-9α 羟基化酶 T9αH-750C，负责 C-7β 乙酰化的 T7AT，以及两个新发现的 1β 羟化酶 T1βH-184 与T1βH-686，补全了紫杉烷骨架后期修饰的核心步骤。借助这些新发现，团队将 17 个基因整合表达至模式植物 Nicotiana benthamiana 中，成功在非红豆杉系统中合成 baccatin III，其产量与天然红豆杉针叶中检测到的自然丰度相当，标志着异源重构的关键闭环终于实现。

值得一提的是，在斯坦福团队完成骨架合成工作的同时，哥本哈根大学 Sotirios Kampranis 团队也在 Nature Synthesis 上报道了以酵母为底盘，实现紫杉醇末端侧链修饰步骤的合成工作。他们成功鉴定 T2’OGD 和 T3’NBT 两种关键酶，并构建出苯甲酰 CoA 再生模块，将 baccatin III 转化为紫杉醇。两项成果在时间上几乎并行、在方向上彼此补位，为合成生物制造紫杉醇提供了从骨架到侧链、从植物到微生物的完整解决方案。

总的来看，mpXsn 技术的开发和 FoTO1 的发现不仅推动了紫杉醇研究取得决定性突破，也为整个天然产物合成领域提供了通用方法论。通过整合扰动、多维转录信息和无监督算法分析，这项技术有望被广泛用于其他复杂天然代谢产物的通路解码。天然产物不再只是植物的“分子武器库”，而是可以被工程重构、程序控制的合成模块。当 baccatin III 的生物合成可以在模式植物中完成，当整个通路的拼图逐步浮现，自然的分子奇迹终将成为人类可持续生产的可再生资源。

参考链接：

1.McClune, C.J., Liu, J.CT., Wick, C. et al. Discovery of FoTO1 and Taxol genes enables biosynthesis of baccatin III. Nature (2025). https://doi.org/10.1038/s41586-025-09090-z

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